药用冻干机的干燥原理是经过将含水的液态制剂式产品低温冷冻为固态，在真空状态下加热固态冰，使固态升华为气态的水汽，最终将含水汽的空气抽至水汽消除容器中，然后达到枯燥的意图。
药用冻干机的保护保养：
冻干设备的保护保养关键在于设备的日常保护，设备主管部门应拟定详细的设备运用操作程序和设备保护保养程序。设备运用前后派专人对设备进行查看，运用过程中操作人员要守时观察设备运行参数（控温参数、控温时间、设备制冷压力等），出现不正确值时应当及时陈述设备保护部门查看，便利及时发现毛病。
树立设备运用档案管理和验证程序，对刚投入运用或者大修后的设备应当依据各运用要求和设备的规划目标进行设备验证，验证经过后方可运用。依据装置设备规划的要求提供不低于要求的设备运用环境，做好设备卫生作业。树立设备毛病应急处理办法，做好备件作业等。
现在较好的设备保养办法是预防性保护，预防性保护是为消除设备失效和生产计划外中止的原因而拟定的办法，作为制作过程规划的一项输出。从预防医学的态度动身，对设备的异状前期发现和前期治疗。提前树立设备毛病原因、表征及处理文件，定时巡视查看，提早发现设备毛病。
冻干系统毛病的主要原因：
(1)冻干系统规划缺点、制作质量不过关。
(2)操作人员操作失误。
(3)设备运用时的部件老化、振动、磨损。
(4)保护保养程序不健全、不落实。
(5)运用环境不达标，超负荷运行。
(6)过维修。
